Unutrašnji filteri su jednostavni, mali filteri koji se postavljaju u akvarijum i najčešće pokreću vazduhom. Zbog svoje male zapremine, vrše uglavnom mehaničko filtriranje vode. Biološko filtriranje zahteva veću površinu supstrata, tako da se jedino unutrašnji filteri sa valjcima od sunđera mogu smatrati biološkim filterima. Ovakvi filteri vrše i mehaničko prečišćavanje vode, ali kako su istom supstratu (sunđeru) poverene obe uloge, to ni ovakvi filteri nisu pravi biološki filteri.
